Mae Alun Thomas, Prif Weithredwr Adferiad, yn dweud ei fod yn cydnabod yr heriau ariannol sy’n wynebu Llywodraeth Cymru.
Ond ychwanegodd bod cau’r rhaglen “sydd wedi bod yn llwyddiannus yn gyson, heb gynnig cynllun i’r dyfodol, yn peri risg anferthol i iechyd a lles pobl â phroblemau iechyd meddwl yng Nghymru”.
Mae’r penderfyniad i beidio parhau i’w hariannu yn “bryder sylweddol i nifer o bobl sy’n parhau i wynebu stigma a gwahaniaethu oherwydd eu hiechyd meddwl”.
Rhannu’r pryderon hynny mae Cyfarwyddwr Mind Cymru, Sue O’Leary.
Dywedodd fod gwaith y rhaglen wedi bod yn amhrisiadwy, yn “helpu unigolion, cyflogwyr a chymunedau drwy Gymru”.
“Bydd diwedd Amser i Newid Cymru,” meddai, yn “gadael bwlch sylweddol wrth i ni geisio cydlynu a gweithio i daclo stigma”.
Mae’r ddwy elusen am wybod beth yw cynllun y llywodraeth i lenwi’r bwlch sy’n cael ei adael.
